En mi humilde opinión: Contrato - это когда речь идет о договоре вообще, как сделке, отсюда вытекает самостоятельное употребление этого слова, без сочетания с какими-либо определяющими его словами, acuerdo - это когда имеется в виду какой-то конкретный тип договора, например, venta y acuerdo de compra, acuerdo de licencia, и т.