Tanto Consensus como Pan PCR siguen el mismo procedimiento de rutina. Sin embargo, la diferencia clave entre la PCR de consenso y la PCR Pan se basa en los objetivos de los cebadores que utiliza cada procedimiento. Mientras que la PCR de consenso siempre se dirige a regiones conservadas, una PCR Pan se dirige a regiones variables para identificar diferentes cepas de un grupo.