La ficocianina es un color azul claro característico, que absorbe la luz naranja y roja, particularmente cerca de 620 nm (dependiendo del tipo específico que sea), y emite fluorescencia a aproximadamente 650 nm (también dependiendo del tipo). La aloficocianina absorbe y emite a longitudes de onda más largas que la ficocianina C o la ficocianina R.